Чтобы установить, соответствует ли взаиморасположение генов в группах сцепления, определенное по данным кроссинговера, истинной их локализации в хромосомах, наряду с генетическими картами у дрозофилы были составлены Цитологические карты, А затем их сравнили. Для этого использовали различные хромосомные перестройки, главным образом перемещения отдельных участков хромосом (транслокации), возникающие под действием лучей Рентгена. Изучали их сначала на обычных митотических хромосомах, а затем на гигантских хромосомах слюнных желез.

Метод состоит в том, что выпадение какого-либо перемещаемого участка маркированной с помощью кроссинговера хромосомы измеряют как генетически по изменению наследования соответствующих признаков в единицах перекреста, так и непосредственно в нанометрах при наблюдении в микроскоп, а затем составляют сравнительные генетические и цитологические карты хромосом.

В результате сравнительного изучения таких карт был подтвержден принцип линейного расположения генов и установлено, что последовательность расположения генов на цитологической карте точно соответствует их последовательности на генетической карте, составленной по данным кроссинговера. Но в то же время оказалось, что относительные расстояния между генами на этих картах совпадают не по всей длине хромосомы. Так, на генетической карте в центре хромосомы гены расположены более скученно, чем на цитологической. Это показывает, что единица перекреста— величина непостоянная, она изменяется по длине хромосомы. Величина перекреста, таким образом, зависит от участка хромосомы, особенно сильно она изменяется при удалении его от центромеры.