Кроссинговер в одном месте хромосомы может в той или иной степени подавлять его в других, близко расположенных местах. Это явление подавления кроссинговера в каком-либо участке хромосомы кроссинговером, происшедшим в соседнем участке, называется Интерференцией. Вследствие ее процент ожидаемых двойных разрывов часто не совпадает с процентом фактически совершающихся. Особенно резко это проявляется у близко расположенных генов.

На силу сцепления генов влияет ряд различных внутренних и внешних факторов. Гибриды между некоторыми линиями дрозофилы не обнаруживают кроссинговера. Полное подавление кроссинговера в подобных случаях чаще всего бывает связано с переворачиванием (инверсией) Того или иного участка в одной из гомологичных хромосом. У особи, гетерозиготной в отношении инверсии, аллельные гены не могут располагаться друг против друга, что затрудняет обмен гомологичными участками парных хромосом, и потомства от оплодотворения кроссоверных гамет не будет. У самок дрозофилы частота кроссинговера уменьшается с возрастом.

Обнаружены гены, способные понижать или повышать кроссинговер. Такой контроль может быть как моногенным, так и полигенным. Поэтому в некоторых случаях удавалось понижать или повышать у соответствующих линий частоту кроссинговера путем отбора. К внешним условиям, влияющим на частоту кроссинговера, относится температура. При повышении или понижении ее по сравнению с оптимальной частота кроссинговера увеличивается.